Azərbaycan Respublikası müstəqillik əldə etdikdən sonra mülki aviasiya sahəsində milli kadrlara olan ehtiyacın ödənilməsi məqsədilə Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin 15 iyun 1992-ci il tarixli 337 saylı qərarı ilə «Azərbaycan Hava Yolları» Dövlət Konserni (indiki  «Azərbaycan Hava Yolları» Qapalı Səhmdar Cəmiyyəti) nəzdində Milli Aviasiya Mərkəzi yaradıldı. Mərkəzin direktoru professor İlyas Musa oğlu Əliyev təyin edildi. Mərkəzin nəzdində Ümumi texniki fənlər və Humanitar fənlər kafedraları təşkil olundu. 1993-cü ildə Mərkəzdə  Hava nəqliyyatının istismarı fakültəsi yaradıldı və mövcud kafedralar bu fakültəyə daxil edildi. Aviasiya xüsusi avadanlığı, İngilis dili  kafedraları yaradıldı.

Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin 24 fevral 1994-cü il tarixli 81 saylı qərarı ilə Milli Aviasiya Mərkəzi Milli Aviasiya Akademiyası (MAA) adlandırıldı. Professor İlyas Əliyev akademiyanın rektoru təyin edildi.

Milli Aviasiya Akademiyası bir fakültə, iki ixtisas, 80 tələbə ilə fəaliyyətə başladı. 1994-cü ildə Hava nəqliyyatının uçuş istismarı fakültəsi və onun nəzdində Hava gəmilərinin uçuş istismarı və aeronaviqasiya, Uçuş aparatlarının və aviasiya mühərriklərinin konstruksiyası və istismarı kafedraları yaradıldı. Həmin ildə MAA-nın nəzdində Elmi tədqiqat Aviasiya institutu (ETAİ) yaradıldı. ETAİ-nin tərkibində Konstruktor-texnoloji, Elmi texniki informasiya və yeni texnikanın tətbiqi, Aviasiya elektronikası və Yeni texnika və texnologiyanın tətbiqi şöbələri yaradıldı. Mülki aviasiyada aktual elmi-texniki problemlərin həlli, uçuşların təhlükəsizliyini təmin edən yeni uçuş və yerüstü vasitələrin yaradılması, eləcə də “Azərbaycan Hava Yolları” Dövlət Konserni aviamüəssisələrinin fəaliyyətini tənzimləyən normativ-texniki sənədlərin işlənməsində bu institut mühüm rol oynadı.

1996-cı ildə Milli Aviasiya Akademiyasının rektoru vəzifəsinə AMEA-nın həqiqi üzvü, əməkdar elm xadimi, fizika -riyaziyyat elmləri doktoru, professor Arif Mir Cəlal oğlu Paşayev təyin olundu. 

1996-cı ildən başlayaraq MAA özünün yeni inkişaf dövrünə qədəm qoymuşdur. Bu dövrdə akademiyada Uçuş fənləri, Aviasiya radiotexnikası və elektrotexnikası, Avtomatika və aviasiya cihazları, Hava naviqasiyası və havada hərəkətin idarə olunması, Mülki aviasiya iqtisadiyyatı, Texniki fizika, Riyazi təminat və mexanika kafedraları, Təcrübə-sınaq istehsalatı yaradılmış, Qiyabi fakültə təşkil olunmuşdur.

Azərbaycanda mülki aviasiyanın inkişafı ilə əlaqədar olaraq 1997-1998-ci tədris ilindən MAA-ya qəbul olan tələbələrin  sayı sürətlə artmağa başladı. Əgər 1992-1997-ci illərdə MAA-ya qəbul olan tələbələrin sayı 50-97 nəfər  təşkil edirdisə, 1998-ci ildə bu rəqəm 219 nəfərə çatdı. Sonrakı illərdə bu göstərici yüksələn templə dəyişdi. Qəbul olan tələbələrin sayının artması Akademiyanın strukturuna və inkişafına ciddi təsir etdi. MAA-nın məzunlarının ilk buraxılışı 1995/1996-cı tədris ilində oldu və 39 nəfər təşkil etdi.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 15 iyun 1999-cu il tarixli sərəncamı ilə «Azərbaycan Respublikasının təhsil  sahəsində islahat proqramı» təsdiq olunduqdan sonra MAA-da bir sıra struktur dəyişiklikləri aparıldı. Belə ki, 1999-cu ildə Avianəqliyyat istehsalatı fakültəsi, onun nəzdində  Avianəqliyyat istehsalatı, Riyaziyyat və  mexanika kafedraları, İqtisadiyyat və hüquq fakültəsi və onun tabeliyində olan Hüquqşünaslıq  kafedrası  təşkil olundu.

Həmin dövrdə Milli Aviasiya Akademiyasının «Elmi məcmuələr» jurnalı təsis olunmuş və Azərbaycan Respublikası  Prezidenti yanında Ali Attestasiya  Komissiyasının reyestrinə daxil edilmişdir.

MAA-da tədris prosesinin beynəlxalq aviasiya təşkilatlarının tələblərinə uyğun olaraq qurulması məqsədilə 1999-cu ildən etibarən akademiya Dövlətlərarası Aviasiya Komitəsi (DAK) tərəfindən sertifikarlaşdırılmış və dövri olaraq onun quvvəsi yenilənmişdir. DAK tərəfindən aparılmış sertifikasiyanın nəticəsi olaraq akademiyanın məzunlarının diplomları DAK üzvü olan ölkələrdə tanınmağa başlamışdır.

Milli Aviasiya Akademiyası ilə Rusiya, Ukrayna, Latviya, Litva, Böyük Britaniya, Almaniya, Türkiyə,  Yunanıstan, Portuqaliya, İtaliya, İsrail, Fransa, ABŞ,  Kanada, Yaponiya və s. kimi ölkələrin 50-yə yaxın ali  məktəbləri arasında elmi-tədqiqat işlərinin aparılması, dissertasiyaların müdafiə edilməsi, beynəlxalq konqres,  konfrans, simpozium və seminarların təşkili ilə bağlı müqavilələr imzalanmışdır.

 1999-cu ildə Beynəlxalq Mülki Aviasiya Təşkilatının (ICAO) prezidenti Assad Kotayt MAA-nın fəxri qonağı oldu. Aparılan intensiv inkişaf tədbirlərinin nəticəsi olaraq MAA 2000-ci ildə Beynəlxalq Mülki Aviasiya Təşkilatının  (ICAO) Sorğu kitabına, 2002-ci ildə isə  İCAO-nun reyestrinə daxil edildi.

2000-ci ildə MAA-da müasir tələblərə cavab verən idman kompleksi istifadəyə verildi. Kompleksin açılışında Azərbaycan Respublikasının Prezidenti, Azərbaycan Milli Olimpiya Komitəsinin Sədri İlham Əliyev iştirak etdi.

2000-ci ildə Avianəqliyyat istehsalatı fakültəsinin nəzdində Aviasiya təhlükəsizliyi, 2002-ci ildə Ətraf mühitin aerokosmik monitorinqi kafedraları təşkil olundu.

2003-cü ildə Hava nəqliyyatının uçuş istismarı və Hava nəqliyyatının texniki istismarı fakültələri birləşdirilərək, Hava nəqliyyatının uçuş-texniki istismarı fakültəsi adlandırıldı. Hava gəmilərinin uçuş istismarı və aeronaviqasiya, Hava hərəkətinin idarə edilməsi və meteorologiya, Uçuş aparatlarının və aviasiya mühərriklərinin konstruksiyası və istismarı, Aviasiya radiotexnikası və elektronikası, Aviasiya xüsusi avadanlığı kafedraları fakültənin tərkibinə daxil edildi.

Həmin ildə MAA-da elmi-pedaqoji və elmi kadrların planlı şəkildə hazırlanması məqsədilə Aspirantura şöbəsi  yaradıldı. Elmi-pedaqoji və elmi  kadrların nəzəri, ixtisas hazırlığının təkmilləşdirilməsində, onların elmi-tədqiqat üsul  və metodlarına yiyələnməsində, müstəqil şəkildə yüksək  səviyyədə elmi, pedaqoji və tərbiyəvi iş aparmaq  bacarıqlarına malik olmalarında Aspirantura şöbəsinin böyük rolu oldu. Şöbənin fəaliyyəti dövründə 44 aspirant və 46 dissertant namizədlik dissertasiyası üzərində işləyərək 3 aspirant, 17 dissertant müxtəlif sahələr üzrə dissertasiya müdafiə edərək elmi dərəcə aldılar.

2004-cü ildə “Milli Aviasiya Akademiyasının Elmi əsərləri” toplusu Ali Attestasiya Komissiyasının reyestrinə daxil edildi. İldə iki dəfə çap olunan bu toplu MAA alimlərinin elmi əsərlərinin nəşrində mühüm rol oynadı. 

2005-ci ildə Milli Aviasiya Akademiyasında “İnformasiya-hesablama Mərkəzi” fəaliyyətə başladı. Mərkəzin köməyi ilə qısa müddət ərzində bütün tədris korpuslarını birləşdirən lokal kompyuter şəbəkəsi, internetdə akademiyanın fəaliyyətini əks etdirən zəruri informasiyalar yerləşdirilmiş Web-sayt, 20-dən çox ixtisaslaşdırılmış auditoriya, 5 kompyuter sinfi, elektron kitabxana və s. yaradıldı. İmtahan sessiyalarında tələbələrin biliyinin kompyuter test üsulu ilə qiymətləndirilməsi məqsədilə xüsusi proqramlar tərtib olundu.

MAA-da müasir elektron kitabxana, həmçinin elmi-texniki, tədris-metodiki, sorğu və ixtisaslaşdırılmış ədəbiyyatla  komplektləşdirilmiş kitab fondu  mövcuddur. Kitab fondu daim yeniləşir və genişlənir. Azərbaycan aviasiyasının şanlı  tarixini özündə yaşadan zəngin materialların toplanaraq gələcək  nəsillərə çatdırılmasını təmin etmək məqsədilə  MAA-da “Aviasiya tarixi muzeyi” yaradılmışdır.

Həmin ildə MAA-da Xüsusi Konstruktor Bürosu yaradıldı. Konstruktor Bürosunun nəzdində Konstruktor-texnoloji və  Biofıziki cihazlar şöbələri təşkil edildi. Bu şöbələrdə aviasiya xidməti və  ekoloji şəraitin təmin olunması ilə bağlı elmi-tədqiqat və təcrübi-konstruktor  işləri aparılmağa başlandı.

Azərbaycan Bolonya prosesinə qoşulduqdan sonra akademiyada bir sıra struktur və məzmun  dəyişiklikləri aparıldı, beynəlxalq əlaqələr  genişləndirildi. Belə ki, 2005-2008-ci illərdə Avianəqliyyat istehsalatı fakültəsinin nəzdində Aviasiya psixofıziologiyası və fiziki hazırlıq kafedrasının bazasında Aviasiya psixofıziologiyası və reabilitasiya, Bədən tərbiyəsi kafedraları yaradıldı. İnformatika və riyazi modelləşdirmə kafedrasının bazasında Aerokosmik informasiya texnologiyaları və idarəetmə sistemləri kafedrası təşkil edildi. Aeronaviqasiya kafedrası yaradıldı. İqtisadiyyat və hüquq fakültəsinin tabeliyində İctimai fənlər, Dil və ədəbiyyat, Menecment, Beynəlxalq iqtisadi münasibətlər, Hüquqşünaslıq kafedraları təşkil olundu. İxtisasartırma fakültəsi yaradıldı. Avianəqliyyat istehsalatı fakültəsində Nəqliyyat sistemlərinin logistikası ixtisasları üzrə bakalavr hazırlığına, eyni zamanda tələbələrin biliyinin çoxballı sistemlə qiymətləndirilməsinə və kredit sisteminin tətbiqinə başlanıldı. Sonrakı illərdə bakalavriat səviyyəsində kadr hazırlığı və kredit sisteminin tətbiqi MAA-nın bütün ixtisaslarını əhatə etdi.

Bu dövrdə Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirliyi tərəfindən təsdiq olunmuş Dövlət Təhsil Standartlarına uyğun olaraq MAA-nın tədris planları hazırlanmış, fənn proqramları yeniləşdirilmış və  standartlara daxil olunmuş yeni fənlərin  proqramları və dərs vəsaitləri tərtib edilmışdi.

Bu illərdə MAA-nın beynəlxalq proqramlarda iştirakı genişləndirilmiş və müxtəlif aviasiya mərkəzləri ilə əlaqələri gücləndidrilmişdir. MAA «Aviasiya və raket-kosmik texnikasının sınaqları və istismarı» istiqaməti üzrə mütəxəssislər hazırlayan Rusiya ali təhsil müəssisələrinin Tədris-Metodiki  Birliyinə, «Hava nəqliyyatında elmi-tədqiqatlar» və «Mülki aviasiya tədris-məşq mərkəzi» Beynəlxalq assosiasiyalarına üzv kimi qəbul olunmuşdu. MAA əməkdaşları İstanbul (Türkiyə), Barselona (İspaniya), Praqa  (Çexiya), Budapeşt (Macarıstan), Venesiya (İtaliya), Krakov (Polşa), Vyana  (Avstriya), Qahirə (Misir)  şəhərlərində keçirilən müxtəlif beynəlxalq konfrans və seminarlarda MAA-nı təmsil etmişdir. Türkiyə Cümhuriyyətinin vətəndaşları MAA-da aparılan elmi-tədqiqat işlərinə cəlb  olunmuşlar. Akademiyanın əməkdaşları  Rusiya, Ukrayna, Özbəkistan, ABŞ, Almaniya, Avstriya, Fransa, Çexiya,  Misir və digər ölkələrdə yeni və istismarda olan təyyarə növləri, onlarm  mühərrikləri və sistemləri, havada hərəkətin  idarə olunması, naviqasiya sistemləri və radiotexniki vasitələr və digər istiqamətlər üzrə ixtisaslarını  artırmışlar. Bir qrup əməkdaş xarici ölkələrin (Rusiya, Ukrayna, Litva, Almaniya, ABŞ, Kanada) elm və tədris mərkəzlərinin fəxri  doktorları və  professorları, müxtəlif akademiyaların həqiqi və müxbir üzvləri seçilmişdir. Akademiya  əməkdaşlarının elmi əsərləri dünyanın 30-a yaxm ölkəsinin  elmi jurnal və məcmuələrində çap olunmuşdur.

2005/2006-cı tədris ilində MAA-nın strukturunun, MAA-da tədris prosesinin təşkilinin, mütəxəssis hazırlığının  növlərinin və səviyyəsinin, maddi-texniki bazanın, tədris və təcrübə proqramlarının, trenajor və uçuş hazırlığının, təlimatçı-müəllim heyətinin və onların ixtisaslarının artırılması proqramlarının, elmi fəaliyyətin, maliyyə resurslarının və təhsil infrastrukturunun

Azərbaycan Respublikasının Dövlət Mülki Aviasiya Administrasiyası (DMAA) tərəfindən qəbul olunmuş qaydalara və prosedurlara, beynəlxalq Mülki Aviasiya təşkilatları tərəfindən qəbul edilmiş qaydalara, standartlara,  tövsiyə edilən təcrübəyə və prosedurlara, digər beynəlxalq normativ hüquqi  aktların tələblərinə uyğunluğunun müəyyən edilməsi məqsədi ilə Milli  Aviasiya Akademiyası Təhsil Nazirliyinin  akkreditasiyasından keçmiş və ona ali məktəb statusunu müəyyən edən 001 saylı sertifikat verilmişdir. Bu   sertifikasiya MAA-nın mülki aviasiya sahəsində mütəxəssis hazırlığı ilə məşğul olan təhsil müəssisəsi statusunun  müəyyən edilməsi, onun fəaliyyətinin növbəti müddətə uzadılması üçün hüquqi təminat yaratmışdır.

Milli Aviasiya Akademiyası Dövlətlərarası Aviasiya Komitəsinin qərarı ilə Mülki Aviasiya Ali Təhsil Müəssisəsi  Sertifikatına (Şəhadətnaməsinə) layiq görülmüşdür.

2008-ci ildə MAA-da Aerokosmik fakültə yaradıldı və Aeronaviqasiya, Ətraf mühitin aerokosmik monitorinqi, Aerokosmik informasiya texnologiyaları və idarəetmə sistemləri, Avtomatika və aviasiya cihazları, Bədən tərbiyəsi kafedraları onun tabeçiliyinə verildi.

Həmin ildə MAA-nın DAK tərəfindən növbəti sertifikasiyası keçirildi və MAA-ya verilmiş sertifikatın müddəti 2011-ci ilə qədər artırıldı. Sertifikatın təqdim edilməsi mərasimində DAK sədri professor Tatyana Anodina iştirak etdi. 

2009-cu ildə ETNAPİ-nin “Aviasiya mikroelektron vericiləri” şöbəsində 10 ədəd “Nanoeducator” elmi-tədris kompleksindən ibarət nano- tədris-tədqiqat sinfi yaradıldı. Bu sinifdə “Solver-NEXT” və “Solver-FD” atom-qüvvə və tunel mikroskopları quraşdırıldı.

Həmin ildə MAA-da tələbələrin biliklərinin kompyuter-test üsulu ilə qiymətləndirilməsi üçün 85 yerlik imtahan zalı istifadəyə verildi.

2010-cu ilin oktyabr ayında MAA-da Trenajor mərkəzi istifadəyə verildi. Bu mərkəz öz təchizatı və funksional səviyyəsinə görə MDB məkanında yeganə, Şərqi Avropada ən müasir və böyük mərkəzlərdən biri olmaqla pilotların məqsədyönlü, davamlı və fasiləsiz ilkin və yenidən hazırlığı, həmçinin uçuş heyəti üzvlərinin istehsalatdan ayrılmadan ixtisaslarını artırmaları üçün mühüm rol oynamağa başladı.

2010-cu ildə MAA-da Tədrisin təşkili və elmi kadrların hazırlığı idarəsi yaradıldı. İdarənin strukturuna tədris-metodiki, magistratura və doktorantura şöbələri daxil edildi.

2010/2011-ci tədris ilində MAA-da magistratura səviyyəsinə ilk dəfə qəbul aparıldı. 20 nəfər magistraturaya qəbul edildi.

2011-ci ilin dekabr ayında Milli Aviasiya Akademiyasının DAK tərəfindən növbəti sertifikasiyası keçirildi və MAA-ya verilmiş sertifikatın müddəti 2014-cü ilə qədər artırıldı.

2012-ci ilin yanvar ayında Milli Aviasiya Akademiyası Avropa Mülki Aviasiya Konfransının (ECAC) təlim mərkəzləri şəbəkəsinə üzv qəbul edildi və bununla MAA-da mütəxəssis hazırlığının beynəlxalq standartların tələblərinə uyğunluğu təsdiq edildi.

2012-ci il mayın 30-da Milli Aviasiya Akademiyası “Təhlükəli yüklərin hava nəqliyyatı ilə daşınması” üzrə Beynəlxalq Hava Nəqliyyatı Assosiasiyasının (İATA) regional tədris mərkəzi statusunu aldı. MDB ölkələri içərisində yalnız Rusiya və Ukraynada belə regional mərkəzlər fəaliyyət göstərir. 

Hal-hazırda Milli Aviasiya Akademiyası Azərbaycanda mülki aviasiya sahəsində və “Azərbaycan Hava Yolları” QSC-nin müəyyən etdiyi digər sahələrdə ali, əlavə və peşə-ixtisas təhsil proqramlarını həyata keçirən yeganə ali təhsil müəssisəsidir.

MAA-da 6 fakültə – Hava nəqliyyatı, Nəqliyyat texnologiyaları, Aerokosmik, Fizika-texnologiya, İqtisadiyyat və hüquq, Qiyabi fakültələr, 24 kafedra və Aviasiya Personalının Hazırlığı Mərkəzi fəaliyyət göstərir.

MAA-da mütəxəssis hazırlığı 20 ixtisas üzrə Dövlət Mülki Aviasiya Administrasiyası tərəfindən bəyənilmiş və Təhsil Nazirliyi tərəfindən təsdiq edilmiş Dövlət Təhsil Standartları əsasında aparılır.

MAA-nın ən müasir avadanlıqlarla, ixtisaslaşdırılmış auditoriyalarla, laboratoriyalarla, kitabxanalarla təchiz olunmuş beş tədris korpusu, müasir trenajor mərkəzi, idman kompleksi, təcrübə-sınaq istehsalat sahəsi, otel kompleksi, tələbə şəhərciyi vardır. İxtisaslaşdırılmış siniflər və auditoriyalar multimedia avadanlığı, tədrisə və biliyə nəzarətin texniki vasitələri ilə təchiz olunmuşdur.