Прием в магистратуру осуществляется по конкурсу, проводимому Государственным Экзаменационным Центром (ГЭЦ) Азербайджанской Республики на основании результатов, полученных магистрантами на экзамене (вступительном экзамене) по оценке знаний в текущем учебном году. Прием регулируется «Правилами приема в магистратуры высших учебных заведений Азербайджанской Республики и Национальной Академии Наук Азербайджана», утвержденными согласно Постановлению Кабинета Министров Азербайджанской Республики № 40 от 8 февраля 2017 года. Согласно данным правилам, право на поступление в магистратуру имеют бакалавры и другие лица с высшим образованием.

На вступительном экзамене в магистратуру проверяются логическое мышление бакалавров, уровень знаний иностранного языка и информатики, и лица, соответствующие условиям, которые установлены Государственным Экзаменационным Центром, получают возможность участвовать в отборе по специальности. Обучение в магистратуре ведется на основе государственного заказа (за счет средств государственного бюджета) или на платной основе. В соответствии с законодательством, право на бесплатное обучение студентам на уровне магистратуры государственного высшего образования предоставляется только один раз.

На вступительном экзамене в магистратуру уровень логического мышления, информатики и знания иностранного языка бакалавров проверяется методом тестирования. На экзамене предлагается 50 тестов по логическому мышлению, 25 тестов по иностранным языкам и 25 тестов по информатике. Последние 5 вопросов каждого блока состоят из открытых тестовых заданий. Время, которое отводится для данного экзамена, - 3 часа. Каждый правильный ответ бакалавров оценивается одним баллом.

К конкурсу допускаются бакалавры, набранные баллы которых соответствуют условиям, установленным Государственным Экзаменационным Центром (ГЭЦ).

Они вносят выбранные специальности в установленном ими порядке в свою электронную форму заявления исходя из указанной даты, отмечая и подтверждая, хотят ли они учиться на основе государственного заказа или на платной основе по каждой специализации. В процессе выбора специализации бакалавр выбирает до 20 кодов специализаций, соответствующих осваиваемой им специальности и его желанию, вводит и утверждает в запрашиваемой последовательности «Электронное заявление бакалавра на выбор специализации».

Только бакалавры, сдавшие экзамен по английскому языку в качестве иностранного, могут выбрать специальности Национальной Академии Авиации.

Последовательность выбранных специализаций, указанная в форме заявления, принимается в качестве юридической основы при проведении конкурса и размещается на первой из специализаций, по которым бакалавры прошли конкурс, исходя из набранных ими баллов.

Magistraturaya qəbul olunanların qeydiyyatı onlayn qaydada https://portal.edu.az/ platforması vasitəsilə həyata keçirilir. Qeydiyyatdan keçmək üçün bakalavr https://portal.edu.az/ platformasında yaradılmış kabinetə daxil olduqdan sonra təqdim edilən xidmətlər sırasında “Ali və orta ixtisas təhsili müəssisələrinə təhsilalan qeydiyyatı” xidmətini seçməli, şəxsi və qəbul məlumatlarının düzgünlüyünə əmin olduqdan sonra tələb olunan sənədləri sistemə daxil etməli və qeydiyyatı yekunlaşdırmalıdır. Ödənişli əsaslarla magistraturaya daxil olanlar portalda qeydiyyatdan keçdikdən sonra təhsil müəssisəsi tərəfindən ödənişə yönləndirilir. Cari ilin təhsil haqqı tam şəkildə ödənilməlidir. Növbəti il üçün isə müvafiq semestrlərdən əvvəl ödəniş edilməlidir.

Поступивший в магистратуру, после зачисления, должен будет обратиться в учебное заведение в связи с прохождением действительной военной службы или по поводу предоставления академического отпуска, если не сможет продолжить учебу по семейным обстоятельствам.

Обучение на уровне магистратуры осуществляется только по очной форме, стандартный срок обучения - 2 года. Обучение ведется в одну смену (I смена). В течение всего периода обучения студентам предоставляется форма. Согласно «Правилам организации обучения по кредитной системе», магистрант не допускается к экзамену по данному предмету, если он не посещает более 25% аудиторных часов по какому-либо предмету.